Antes de la conquista española, el archipiélago estaba formado por comunidades diversas, entre ellas agrupaciones de parentesco barangay y redes políticas costeras vinculadas por el comercio marítimo. La Inscripción en cobre de Laguna del año 900 da testimonio de la administración escrita y de conexiones regionales, pero no describe todo el archipiélago. Los sultanatos musulmanes de Sulú y Mindanao desarrollaron sus propias tradiciones políticas y religiosas; la historia precolonial no fue la de un Estado único y centralizado.
El dominio español, establecido desde el siglo XVI, concentró la administración y las instituciones eclesiásticas, especialmente entre las comunidades cristianas de las tierras bajas y en Manila. Durante siglos, el galeón de Manila conectó la ciudad con Acapulco y transportó mercancías, personas e ideas entre Asia y América. Las comunidades moro del sur y diversos pueblos de las tierras altas conservaron sus propias instituciones y resistieron en distintos momentos; por tanto, el poder colonial fue desigual y disputado según la región.
A la revolución contra España le siguieron el dominio colonial estadounidense y una guerra en la que los combatientes filipinos por la independencia se enfrentaron a los nuevos gobernantes. La ocupación japonesa durante la Segunda Guerra Mundial trajo violencia, coerción y escasez; la independencia formal llegó en 1946. Posteriormente, el Estado experimentó tanto la política electoral como la ley marcial bajo Ferdinand Marcos, antes de que el movimiento Poder Popular de 1986 restaurara el gobierno constitucional; la migración y la diáspora siguen conectando estrechamente el país con el resto del mundo.