Las costas, los Andes y las regiones amazónicas del actual Perú desarrollaron sociedades muy distintas, con tempranas comunidades agrícolas, pesqueras y centros urbanos como Caral-Supe. Chavín, Nazca, Moche, Wari y Chimú crearon redes regionales y centros políticos en épocas diferentes; no constituyeron una sola civilización. El riego, las terrazas, los caminos y los textiles conectaban las tierras altas con las zonas costeras. La investigación arqueológica es esencial porque no existen registros escritos de muchos periodos precoloniales.
El Imperio inca, que se llamaba a sí mismo Tahuantinsuyo, se expandió en el siglo XV y gobernó a pueblos diversos mediante caminos, administradores locales y redistribución. Los quipus, cordones anudados, servían para fines administrativos y quizá para otras formas de registro; el alcance preciso del sistema sigue siendo objeto de estudio. La invasión española a partir de 1532 coincidió con un conflicto sucesorio y epidemias. El gobierno colonial concentró el poder en Lima e impuso trabajo forzado, también en la minería.
Perú se independizó en 1821, pero el poder político y la propiedad de la tierra siguieron distribuyéndose de forma desigual, y los pueblos indígenas fueron a menudo marginados. La Guerra del Pacífico contra Chile provocó ocupación y pérdida territorial. La reforma agraria de 1969 transformó las haciendas y las relaciones de propiedad, pero no resolvió todas las desigualdades. La migración interna a Lima y otras ciudades costeras se aceleró en el siglo XX; las comunidades quechuas, aimaras y amazónicas siguen siendo una parte importante de la sociedad actual y de sus debates políticos.