El archipiélago indonesio ha sido durante mucho tiempo un cruce de migraciones e intercambios marítimos, donde las comunidades de habla austronesia y los pueblos papúes mantuvieron sociedades locales diversas. El comercio del océano Índico conectó los puertos con el sur y el este de Asia y favoreció cortes como las de Srivijaya y Majapahit. Las ideas hinduistas y budistas se adaptaron a los contextos políticos y artísticos locales, en vez de desplazar sin más las prácticas indígenas.
Desde el siglo XIII, los comerciantes y gobernantes musulmanes contribuyeron a establecer sultanatos a lo largo de las rutas comerciales, aunque la islamización avanzó de forma desigual entre las islas. En un principio, las compañías europeas buscaron controlar el valioso comercio de especias; el poder neerlandés se expandió durante siglos mediante tratados, guerras y administración colonial. La producción en plantaciones, los cultivos forzosos y los sistemas extractivos vincularon la colonia a los mercados mundiales y suscitaron resistencia.
La ocupación japonesa durante la Segunda Guerra Mundial debilitó el dominio neerlandés, y los líderes indonesios proclamaron la independencia en 1945. El conflicto por la soberanía terminó con el reconocimiento neerlandés en 1949. La construcción nacional poscolonial ha tenido que abarcar cientos de lenguas y regiones; la centralización autoritaria, la violencia en torno a 1965, los conflictos regionales y la descentralización posterior han configurado la república y siguen siendo objeto de debate histórico.